Программу для дизайна коротких фрагментов ДНК - олигонуклеотидов, необходимых для диагностики онкологических заболеваний путем секвенирования нового поколения (NGS), создали в Передовой инженерной школе (ПИШ) НГУ. Врачи онкоцентра смогут самостоятельно формировать нуклеотидные последовательности, необходимые для постановки диагноза конкретному пациенту, рассказала в пресс-центре ТАСС руководитель центра компетенций ПИШ НГУ "Биотехнологии и микрофлюидика" Ольга Науменко.

"В ПИШ НГУ была разработана программа "Олигодизайнер", которая позволяет осуществлять дизайн олигонуклеотидов для областей генома, которые интересны врачам в целях диагностики. В результате работы программы формируется готовый файл с нуклеотидными последовательностями, который передается в специализированную организацию для синтеза олигонуклеотидов", - рассказала Науменко.

Она отметила, что на сегодняшний день в России эти необходимые для NGS-секвенирования компоненты не синтезируются, эти реагенты заказывались за рубежом. "Дизайна как такового также не происходило [в РФ], поэтому это является актуальной задачей для решения поставленной задачи по преодолению технологического барьера", - добавила Науменко.

По ее словам, молекулярно-генетические методы в диагностике онкологических заболеваний используются для выявления нарушений в генах, являющихся причиной развития заболеваний. Результаты диагностики необходимы как для правильной постановки диагноза, так и для выбора оптимальной стратегии лечения и использования таргетной терапии, что позволит избежать назначения неэффективной и дорогостоящей терапии. Метод NGS-секвенирования позволяет исследовать одновременно множество областей генома, нарушения в которых могут быть связаны с развитием онкологических заболеваний. Студенты ПИШ НГУ уже работают с программой для создания новых панелей олигонуклеотидов.

Программа будет доступна врачам для выбора актуальных реагентов для диагностики и выбора терапии пациентов. Науменко уточнила, что работа в "Олигодизайнере" не требует специальных навыков в области биоинформатики и программирования. В центре компетенций также разрабатывается курс дополнительного профессионального образования для врачей по обучению работе с программой.

В процессе использования программа будет обучаться на данных, полученных в ходе секвенирования, что даст возможность создавать усовершенствованные версии олигонуклеотидов для повышения точности диагностики.

Подробнее в источнике